植物体内的含铜蛋白有很多，该蛋白或酶类参与了很多基础代谢活动，如碳水化合物和氮代谢、木质化作用、花粉的形成和受精等。

碳水化合物和氮代谢。营养生长期的植物在缺铜时，其可溶性碳水化合物含量显著低于正常水平；在低水平供铜时，质体蓝素合成受阻，光合速率大幅下滑，这使得碳水化合物的净积累降低。施氮会让植株加剧缺铜，这是由于氮对铜的有效性和移动性具有特殊作用。在成熟的组织和器官中，较大比例的铜与蛋白质和氨基酸相结合；铜的再转移与叶片的衰老有着密切的关系，供氮可使叶片延缓衰老，这也阻碍了铜的再分配。

木质化作用。在作物缺铜时，会表现为幼叶变形、茎和枝条弯曲及禾谷作物的倒伏增加，大量施氮时会加重，这是由于缺铜所诱发的细胞壁木质化受阻所导致。铜对细胞壁的形成及化学组成有显著影响，严重缺铜时，木质部导管的木质化程度差。木质化作用降低对缺铜较为敏感，可以将其作为判断植物铜营养状况的指标。

花粉的形成和受精。缺铜会导致植物花粉无活力，生殖器官无法建成；当铜供应充足时，花粉、花药、子房中含铜量最高。这一点其实也是由于铜参与木质化代谢引起的，缺铜使得花药细胞壁木质化差或无木质化，花药细胞壁扩张而无法给正在发育的花粉提供养分，这也同时反映在花粉粒中缺少大量的淀粉，而正常铜水平的花粉中含有大量的淀粉块。

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