微生物肥料在农业生产上已有多年的应用推广经验，对众多微生物肥料施用效果的研究结果表明微生物肥料是确切有效的，尤其是在肥力比较低下或初次使用的土壤上施用微生物肥料的效果特别显著。如在新开垦的贫瘠红壤上种植紫云英时，接种相应根瘤菌的紫云英产量明显高于、甚至几倍于不接种根瘤菌的紫云英产量。然而，微生物肥料效果的普遍不稳定性也是一个不争的事实。

导致微生物肥料效果不稳定的主要因素在于，微生物肥料作用的最佳发挥有赖于多种因素。这些因素概括起来主要有微生物的数量与活性（环境适应能力、定植能力、功能特性等）、土壤的肥力（如：有机质含量）与理化性状（酸碱性、通气透气性、盐分含量等）、微生物肥料的使用方法、数量、时间和条件等。多种因素都可显著影响使用效果。此外，被使用植物的种类甚至品种不同，效果也不一样。如根瘤菌肥必须与相应的豆科植物种甚至品种接种才有明显的效果。

因此，使用微生物肥料时必须选择高质量菌株和最佳使用方法、条件等，以保证微生物肥料的良好效果。

高质量的菌株，往往具有超强的环境适应能力，能首先保证在施于土壤中能存活下来并增殖。如果存活不了，谈何功能。其次，高质量的菌株，往往在某一方面（如杀菌、促根、解磷解钾等）具有功能优势，几种不同功能的高质量菌株复合面成的微生物肥料，能达到最佳的应用效果。

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