现代有机肥料生产主要依靠发酵工艺完成。一款合格的有机肥料，至少应经过前处理、主发酵（一次发酵）、后发酵（二次发酵）、后处理及贮藏等工序。

1、前处理

前处理主要是对用于制作有机肥料的原料进行破碎、分选、去杂，调整水分、C/N比，或者添加特殊功能的微生物和酶等，以便进行发酵。

 2、主发酵（一次发酵）

主发酵过程中，微生物利用原料中的碳和氮进行各种生命活动，使原料中的易分解物质分解，产生水和二氧化碳，并不断产生热量，使发酵堆温逐步上升至45-65℃甚至更高，将各种病原菌、草种在高温下杀死。

3、后发酵（二次发酵）

后发酵时间一般需要20-30天以上，期间，主发酵未分解和较难分解的有机物质在此过程中再进行分解成如腐殖酸、氨基酸等类型的简单、稳定的有机化合物，外观呈细粉末状，此时，原料已经得到充分的腐熟。

4、后处理

在堆肥经过主发酵和后发酵两次发酵处理之后，再通过分选设备，将前处理过程中未能除去的杂质筛选去除。

5、脱臭

在经过以上工艺处理后，还需要对腐熟的物料进行除臭处理。比如添加除臭剂、活性炭、沸石等吸附臭气。有的会使用堆肥过滤器，用熟化后的堆肥里的好氧微生物将臭气分解去除。

经过以上工艺处理后，再经包装，就得到了安全可靠的有机肥产品了。

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