根系微生物，是指生长在植物根系几毫米范围内的微生物，包括细菌放线菌真菌藻类和原生动物类，但主要以革兰氏阴性的细菌为主。它们与植物根系相互作用，相互促进，互利共生。

  生长状态良好的作物根系附近以有益微生物为主，并对植物的生长有促进作用。主要表现在微生物代谢物。其中以有机酸为主，可以加速土壤中难溶的矿物盐类特别是固定态磷钾等的溶解以供作物吸收。其次，分泌的生长刺激类物质促进植物细胞的分裂增殖，这个物质包含多种，腐殖酸，氨基酸，维生素，几丁质酶，生根素等。根系的分泌物通过诱导趋势化促进或抑制微生物生长，同时，根系微生物消耗掉根系周围的有机和无机营养元素形成浓度梯度，反馈给植物系统进而促进根系分泌物的产生。

  有益微生物在保持较高生物量的同时抢夺了病原微生物的营养，阻止其繁殖，这是竞争作用。多数有益微生物还能代谢产生抗生素，进一步抑制或杀灭病原微生物的繁殖，这是抑菌作用。通过竞争和抑菌，减少了作物病害的发生。有时，当病毒入侵作物时，作物的根系分泌物会发生变化，产生毒性，此时，微生物便能分泌一些降解毒素的物质，减轻毒性，提高了作物的抗病性。

  作物与微生物生长空间内的相互作用。经过长期改良的土壤中，团粒，透气，疏松，湿润，且酸碱度、渗透压等理化状态良好。这个环境中，植物根系发达，相互穿插，根系的土壤周围形成独特的空腔系统、同时有益微生物始终保持较高生物量，大量的微生物和根系进行呼吸作用，产生二氧化碳，形成保温作用。

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